اختلالات چشمی معمولاً در گله‌های طیور شایع نیست. با وجود این، پرندگان به طور زیادی به این حس‌شان برای انجام فعالیت‌های روزانه نیاز دارند، و بروز مشکلات چشمی می‌تواند باعث کاهش بازده گله شود. پرنده‌ای که دچار نقص بینایی می‌شود در رقابت برای غذا، آب و موقعیت اجتماعی خود در جمعیت پرندگان دچار مشکلاتی می‌شود.
مسمومیت ناشی از آمونیوم
مهمترین عامل تخریش در سیستم پرورش بسته گاز آمونیاک (NH3) است. گاز آمونیاک به شدت به غشاهایی که پلک‌ها، چشمان و سینوس‌ها و نای را می‌پوشانند و باعت تخریش می‌شود. التهاب ملتحمه چشم یا کراتوکونژیکتویت به التهاب غشاء ملتحمه چشم و صلبیه چشم که در تماس است گفته می‌شود. پرندگان مبتلا دارای پلک‌های قرمز ، متورم و حساس در برابر نور هستند و از قرار گرفتن در نور پرهیز می‌کنند. اگر آمونیاک ثابت بماند، قرینه یا خارجی‌ترین بخش قدامی کره چشم، دچار اولسر می‌شود و ممکن است به کوری منجر شود.
گاز آمونیاک یک فرآورده تخریبی[۱] باکتریایی است که هنگامی که اسید اوریک از کود طیور با آب ترکیب می‌شود محیطی مناسب برای رشد باکتری فراهم می‌کند. رشد باکتریایی، و در نتیجه تولید NH3 نیز بستگی به PH بستر یا کود و دما دارد. در سیستم‌های تولید بسته سطوح بالای گاز آمونیاک در اثر تهویه ناکافی ساخته می‌شود. آمونیاک مشکلی مشخص برای پرندگانی که در سیستم‌های پرورش باز یا نیمه باز پرورش داده می‌شوند، ایجاد نمی‌کند.
بیماری مارک
بیماری مارک یک بیماری ویروسی طیور است که باعث نوعی سرطان می‌شود. تومورها در اعصاب باعث لنگش و فلج می‌شوند. تومورها همچنین در عدسی[۲] روی می‌دهند و باعث ایجاد قرنیه‌های با شکل نامنظم و کوری می‌شوند. جوجه‌ها را می‌توان در هچری واکسینه کرد. در حالی که واکسیناسیون در پیشگیری از تومورها مؤثر است اما از ایجاد عفونت به وسیلۀ تومورها پیشگیری نمی‌کند. مطالعات اخیر نشان داده است که واکسن‌های بیماری مارک ممکن است نتوانند از تشکیل تومور در چشم جلوگیری کنند.
آبله طیور یک بیماری ویروسی است که بسیاری از انواع پرندگان را درگیر می‌کند. به طور اولیه آبله طیور ماکیان و بوقلمون را مبتلا می‌کند. آبله کبوتر کبوتر، جوجه‌ها، بوقلمون، اردک و غاز را درگیر می‌کند. آبله قناری، قناری‌ها، جوجه‌ها، گنجشک و احتمالاً گونه‌های دیگر را مبتلا می‌کند.
آبله ضایعات برجسته، شبیه تاول[۳] را بر روی نواحی بدون پر (سر، پاها، مخرج و غیره) پرنده ایجاد می‌کند. اگر ضایعات در اطراف چشم باشند، تورم ممکن است با عدم اشکال در بینایی همراه باشد و احتمالاً در موارد شدید کوری به طور ناگهانی بهبود یابد، و بینایی به حالت طبیعی برگردد.
عفونت‌های باکتریایی
تعدادی از عفونت‌های باکتریایی می‌توانند باعث آسیب به چشم گردند. باکتریهای سالمونلا، خصوصا ًtyphimurium Salmonella وarizona Salmonella باعث التهاب ملتحمه شدید چرکی و افتالمیت (التهاب چرکی کره چشم و ملتحمه) وکوری می‌شوند. اغلب پرندگان جوان عفونت‌ها را از مرغان یا از طریق عفونت کیسه زرده کسب می‌کنند.
عفونت‌های قارچی
کپک‌ها احتمالاً بر روی مواد متفاوت از جمله غذا و بستر طیور رشد می‌کنند. کپک معمول آسپرژیلوس است. پرندگان می‌توانند در معرض آسپرژیلوس سایر قارچ‌ها در هچری یا به طور معمول‌تر در بستر خوب خشک نشده قرار گیرند. از آنجائیکه آسپرژیلوس معمولاً به عنوان یک عامل بیماریزا دستگاه تنفسی به شمار می‌رود، این قارچ همچنین چشم و مغز را مورد تهاجم قرار می‌دهد. پلاک‌های زرد در زیر پلک‌ها ایجاد می‌شود. چشم ملتهب و دچار تخریب شدید می‌گردد.
عفونت‌های تنفسی
شماری از بیماریهای تنفسی می‌توانند باعث التهاب ملتحمه چشم شوند که از آن جمله می‌توان به بیماری نیوکاسل، لارنگوتراکئیت، برونشیت عفونی، کلامیدیا و مایکوپلاسما اشاره کرد. این عفونت‌ها به خودی خود باعث آسیب به چشم نمی‌شوند، اما باعث بی‌قراری در پرنده می‌شوند، که منجر به مالش و خراشیدن پلک‌ها توسط پرنده می‌شود. آسیب دائمی چشم در این شرایط نادر است. با وجود این، التهاب سینوس‌ها می‌تواند ایجاد شود که باعث تورم سینوس‌های زیر پلک‌ها و افزایش بی‌قراری پرنده می‌شود.
اختلالات سیستم عصبی
ویروس آنسفالیت طیور به طور طبیعی باعث بیماری در جوجه‌های یک تا شش هفته می‌شود. این ویروس به در ابتدا سیستم عصبی را درگیر می‌کند.
جوجه‌های مبتلا تاری دید[۴] به همراه عدم تعادل پیشرفته، نشستن روی مفصل خرگوشی، لرزش سروگردن را تجربه می‌کنند و سرانجام فلج[۵]می‌شوند وبه صورت دمر بر روی زمین قرار می‌گیرند. طیور بالغی که در دوران جوجه‌گی به ویروس مبتلا شده‌اند، ویروس می‌تواند باعث کاتاراکت و بزرگی عمومی چشم شود. عدسی چشم تکه تکه[۶] می‌شود و مدت طولانی نمی‌تواند عملکرد خوبی را برای تمرکز بر روی تصاویر به طور مناسب حفظ کند.
کمبودهای تغذیه‌ای
کمبودهای ویتامین‌های خاص مانند ویتامین A و ویتامین E می‌تواند باعث آسیب به چشم شود. ویتامین A برای تولید رنگدانه شبکیه و برای حفظ لایه و پوشش مجرای اشکی ضروری است. ویتامین E از مرغ مادر[۷] به تخم‌مرغ منتقل می‌شود. اگر مرغ مادر به اندازه کافی ویتامین در جیره غذایی دریافت نکند، جنین از کمبود ویتامین و کوری احتمالی رنج خواهد برد. کمبودهای ویتامین هنگامی که تغذیه طیور تجاری مورد استفاده قرار می‌گیرد نادر است.
اختلالات تکاملی
ناهنجاریهای مادرزادی، در تشکیل و استقرار چشم و کاسه[۸] چشم رخ می‌دهد، اما بروز آن پائین است. ناهنجاریها شامل ممکن است هر دو چشم را درگیر کند ، چشمان از نظر اندازه کوچک شده یا بیرون زده به نظر می‌رسند. این ناهنجاریها ممکن است ارثی یا ممکن است ناشی از شرایط پیش از انکوباسیون نامناسب یا شرایط انکوباسیون باشد. جوجه‌های مبتلا معمولاً در هچری حذف می‌شوند.
